То, что ваши механизмы не прогружаются в ваше отсутствие - вполне нормально.
Майнкрафт устроен таким образом, что весь мир вокруг поделен на чанки длиной/шириной в 16 блоков и высотой в 256 блоков. Игрок, стоя на месте, прогружает вокруг себя по 10 чанков в каждую сторону (если стоят стандартные настройки).
Все чанки, которые не прогружены, "замирают", то есть в них ничего не происходит, так как они выгружены из памяти сервера.
"Лекарства" от этой проблемы нет, потому что иначе нагрузка на сервер была бы колоссальной и вряд ли бы он был в состоянии работать. Да и самой проблемы, в общем-то, и нету.